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From 10/07/2019 to 10/11/2019
Place :
institut Pasteur, Paris

Un cours d’introduction à la phylogénie moléculaire est proposé à l’Institut Pasteur du 7-11 octobre 2019. Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du domaine (représentation des arbres, modèles stochastiques d’évolution, datation) et présenteront les principales méthodes d’inférence d’arbres phylogénétiques (distance, parcimonie, maximum de vraisemblance, méthodes bayésiennes et méthodes phylogénomiques). Les sessions pratiques porteront sur l’application de ces méthodes à l’analyse de différents types de données (marqueurs moléculaires, données phylogénomiques, etc.) à l’aide d’outils adaptés tels que PhyML, IQTree, GBlocks, SeaView, LSD2, PAML et MrBayes.

Soutenu par le programme Institut Convergence INCEPTION, ce cours est ouvert aux formations doctorales partenaires du programme (étudiants de master, doctorant, post-doctorant), aux professionnels de l’Institut Pasteur, et aux chercheurs du réseau international des Institut Pasteur.

Le nombre de place est très limité. Notez que le cours est réalisé en français.

- Enseignants :

  • Alexis Criscuolo, Catherine Dauga, Olivier Gascuel, Julien Guglielmini, Frédéric Lemoine, Najwa Taib, Anna Zhukova

Département de Biologie Computationnelle, USR CNRS 3756, Institut Pasteur

  • Guy Perrière

UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive", Université Claude Bernard  Lyon 1

- Dates : Du Lundi 7 au Vendredi 11 Octobre 2019

- Programme :

Vous trouverez le programme ci-dessous.

- Inscriptions :

Pour les inscriptions, merci de contacter : marina.caillet@pasteur.fr

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Introduction to Molecular Phylogenetics

An introductory course on molecular phylogenetics is proposed at Institut Pasteur on October 7-11th 2019. In this course we will combine theoretical and hands-on sessions to provide the necessary knowledge to start working on phylogenetics and molecular epidemiology. We introduce phylogenetic methods (e.g. tree inference using distance/parsimony/maximum likelihood and bayesian methods, molecular dating) and show how they can be applied to different types of biological data (e.g. molecular markers, phylogenomic data), using popular software tools (PhyML, IQTree, GBlocks, SeaView, LSD2, PAML, MrBayes).

Supported by the INCEPTION program, this course is open to applicants  from Institut Pasteur and its International Network, as well as from partner organisations.

 

The number of places is very limited. Please note that the course is in French.

- Teachers:

  • Alexis Criscuolo, Catherine Dauga, Olivier Gascuel, Julien Guglielmini, Frédéric Lemoine, Najwa Taib, Anna Zhukova

Département de Biologie Computationnelle, USR CNRS 3756, Institut Pasteur

  • Guy Perrière

UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive", Université Claude Bernard  Lyon 1

- Dates : October 2019, from Monday 7th to Friday 11th

- Program:

Below.

- Registrations:

Please contact: marina.caillet@pasteur.fr