Pour son projet de thèse, Marie Morel cherche à mettre au point des méthodes de bioinformatique pour détecter des formes d’adaptation chez les virus et notamment dans un premier temps des mutations de convergence.
Les mutations de convergence sont des mutations qui apparaissent plusieurs fois au cours de l’évolution de manière indépendante. Elles ne sont donc pas héritées d’un ancêtre commun mais sont le fruit d’une même forme d’adaptation en raison de contraintes environnementales fortes. Dans le cas des virus, elles sont particulièrement intéressantes à étudier car elles peuvent leur permettre de résister aux défenses immunitaires de l’hôte infecté voire aux possibles traitements administrés. En effet les virus sont des parasites et ont besoin d’infecter un hôte pour se répliquer. Cela entraîne des mécanismes de défense de la part de l’organisme infecté auxquels le virus doit s’adapter. Seules certaines mutations vont conférer un avantage pour la survie du virus et vont donc être plus souvent sélectionnées que d’autres. C’est à partir de cette observation que Marie Morel va construire sa méthode de détection : des mutations identiques qui apparaissent de manière indépendante et qui sont plus fréquentes que ce que l’on attend de manière aléatoire.
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